古代DNA 的研究，除惹人類以外，傳染病也有不少，其中最多的應該是鼠疫桿菌。造成「黑死病」的這種細菌離我們並不遙遠，馬達加斯加前兩年還爆發過一波疫情。這個 2019 年的論文研究查士丁尼瘟疫，之後幾百年的事。
Ancient Yersinia pestis genomes from across Western Europe reveal early diversification during the First Pandemic (541–750)
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鼠疫桿菌早在 5000 年前就已經感染人類，不過有歷史記錄的第一次大暴走，出現在公元 541 年，史稱「查士丁尼瘟疫」，主要發生在拜占庭帝國（東羅馬帝國）。之前古代DNA 的研究，確認查士丁尼瘟疫的兇手確實為鼠疫桿菌。這個論文則是調查這場災難之後的傳播與餘波。
這個論文由歐洲各處，包括奧地利、德國、法國、西班牙、不列顛的 21 個遺址取樣，偵測年代介於公元 300 到 900 年，183 個樣本中是否有鼠疫桿菌。最後共有 8 個高品質基因組，用於後續深入分析。這回分析的樣本和所有已知鼠疫桿菌相比，親戚關係都和之前得到，查士丁尼瘟疫的品系比較接近。
根據論文的寫法，以及新聞的講法，都指出查士丁尼瘟疫的多樣性很高，不過所謂的「高」，指的是群內差異大，但是假如和其他同類相比，它們都會被歸類為同一個支系，這點必需注意。
論文花惹一些篇幅，探討查士丁尼瘟疫的起源，不過結論是資訊不足，無法判斷。畢竟，目前非洲、中東、印度一帶仍缺乏樣本，它們卻可能是觸發查士丁尼瘟疫的關鍵地區。
歷史記載的查士丁尼瘟疫，在公元 541 年爆發，不過這回在一處稍微早一點的遺址，也偵測到鼠疫桿菌存在；隔沒多久，歐陸對岸的不列顛也有人感染鼠疫桿菌（遺址屬於羅馬殖民地），證實此次疫情的廣傳。
查士丁尼瘟疫除惹廣傳，餘波也延續惹數百年。6 到 8 世紀歐洲許多地方，都有感染的跡象。有意思的是，當中一些樣本的基因組，少掉一些有長有短的 DNA 序列，因此缺乏幾個基因。
查士丁尼瘟疫的品系中，不見的主要有 mgtB、mgtC 兩個基因，不過影響多少感染與致病能力不太清楚。只能確定，因為是在人體遺骸找到，所以它們一定能感染人類。
之前研究發現，黑死病的相關品系，倫敦 16 世紀、馬賽 18 世紀的樣本中，也有鼠疫桿菌少掉那 2 個基因，多半是獨立發生的結果。然而，這件事有何意義，仍然囧雪諾。
鼠疫桿菌的古代DNA 研究超多的：
短篇 英格蘭鄉村Thornton Abbey，黑死病留下的大墓
古代微生物DNA研究們：
新聞稿：
Details of first historically recorded plague pandemic revealed by ancient genomes
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